农村违章建筑的处理方式主要包括：
立即停止建设
发现正在建设的违章建筑时，乡镇人民政府应立即书面责令停止建设。
限期改正或拆除
对于未取得规划许可或不符合规划的违章建筑，乡镇人民政府应在规定时间内处理，包括限期拆除或改正。
对于已取得规划许可但违反规划许可内容进行建设的，同样应限期改正，逾期不改正的，需限期拆除。
拆除和强制执行
如果违章建筑当事人逾期不拆除，乡镇人民政府可组织拆除，并可能由其他政府部门协助。
土地违法行为的处理
对于违法占用集体土地或农用地进行建设的行为，县级以上人民政府土地行政主管部门可责令退还非法占用的土地，并拆除新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
罚款
对于不符合土地利用总体规划的违章建筑，可并处罚款。
行政处分和刑事责任
对于非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
补办手续
对于未办理土地使用手续或规划手续的违章建筑，在特定情况下，如房屋征收和土地征收中，应组织相关部门进行认定，合法的要给予补偿，违法的不予补偿。
处理违章建筑时，应依据《土地管理法》和《城乡规划法》等相关法律法规执行。
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