水运工程主要包括以下几类:港口工程:包括港口的规划、设计、建设、运营和维护,涉及泊位、货物处理设施、物流系统等。航道工程:涉及航道的疏浚、开挖、维护,以及航道的导航和信号设施等,确保船舶能够安全、高效地航行。防波堤(防砂堤):用于保护港口和航道免受波浪和海流侵袭,保障船舶停靠和航行的安全。护岸(海堤