北京公积金的扣除方式如下：
单位代扣代缴
职工个人缴存的住房公积金由所在单位每月从其薪资中代扣代缴。
单位需在每月发放职工薪资之日起5日内，将单位缴存的和为职工代缴的住房公积金汇缴到管理中心在银行开设的住房公积金专户内。
缴存比例
职工住房公积金的月缴存额由职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例确定。
单位为职工缴存的住房公积金月缴存额由职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例确定。
缴存比例通常在5%至20%之间。
缴存基数
住房公积金缴存基数最高不得超过市统计部门公布的职工月平均工资的3倍。
最低不得低于市人社部门规定的职工最低社会保险费征收基数。
自由还款方式
借款人偿还逾期个人贷款，可以通过电话委托系统查询应偿还的贷款金额，或到贷款业务部门签定《借款人调整月还款额通知书》确定还款额。
公积金贷款扣款
在还款卡里存入一个月的还款作为启动资金。
到还款日，银行从储蓄账户划款，并从公积金账户提取一个月月还款转入还款卡中。
提取公积金
职工在购买、建造、翻建、大修自住住房时，可向住房公积金管理中心申请贷款。
公积金还款通常在每月的固定日期（如25号以后）自动从储蓄账户扣款。
冻结、扣划
若有余额可供执行，且当事人正常缴存，可提交材料要求法官冻结、扣划被执行人公积金。
国管公积金的冻结、扣划等手续需要法官前往公积金中心取得审批单后方可进行。
以上是北京公积金的扣除方式。
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